این دانشگاه از ۹ دانشکده و یک مدرسه عالی بازرگانی تشکیل شده است. دانشکده علوم دامپزشکی دانشگاه پرتوریا که در سال ۱۹۲۰ تأسیس شد، دومین دانشکده قدیمی دامپزشکی در آفریقا و تنها دانشکده دامپزشکی در آفریقای جنوبی است. در سال ۱۹۴۹، این دانشگاه اولین برنامه MBA را در خارج از آمریکای شمالی آغاز کرد و موسسه علوم تجاری گوردون (GIBS) وابسته به دانشگاه به طور مداوم به عنوان دانشکده برتر تجارت در آفریقا برای آموزش اجرایی و همچنین جزء ۵۰ دانشگاه برتر جهان انتخاب شده است. در سال ۲۰۱۲، بر اساس رتبه بندی فایننشال تایمز، موسسه علوم تجاری گوردون در رشته مدیریت MBA در آفریقا رتبه ۱ و در جهان، رتبه ۶۰  را به خود اختصاص داد.

بر اساس ارزیابی وزارت آموزش، از سال ۱۹۹۷، این دانشگاه هر ساله بیش از هر موسسه آموزش عالی دیگری در آفریقای جنوبی، مقالات تحقیقاتی منتشر کرده است. در سال ۲۰۰۸، این دانشگاه ۱۵.۸٪ از مدارک کارشناسی ارشد و دکترا را در آفریقای جنوبی اعطا کرد که بالاترین میزان در این کشور است.

گزارش وزارت آموزش عالی، که در ماه مارس ۲۰۱۹ منتشر شد، نشان می دهد که این دانشگاه بالاترین درصد (۱۰،۹۳٪) از کل مقالات تحقیقاتی دانشگاه‌های آفریقای جنوبی را برای سال ۲۰۱۷ به خود اختصاص داده است. با توجه به شاخص شبکه جهانی علوم مربوط به سال ۲۰۱۹، ۵۳ نفر از محققان دانشگاه پرتوریا جزء برترین محققان برتر جهان هستند.